Susurros del corazón cuenta la historia de Shizuku Tsukishima, una apasionada lectora y asidua visitante de la biblioteca, tras analizar los registros de préstamos de diferentes libros se da cuenta que un tal Seiji Amasawa siempre lee antes que ella los mismos libros, lo cual le provoca el deseo de conocerlo. Una tarde Shizuku se encuentra con un gato gris que sabe usar el metro, por curiosidad lo sigue por toda la ciudad hasta llegar a una calle desconocida, ahí encuentra una tienda de antigüedades de lo más inusual, llena de objetos particulares, como un reloj que cuenta una emotiva historia de amor o un muñeco llamado Barón con unos ojos llenos de melancolía. Esa tienda pertenece al abuelo de un muchacho de su misma escuela, al cual Shizuku ve con algo le desagrado por su aparente actitud altanera ante ella, aunque su opinión cambiará al conocerlo, al ver su pasión por convertirse un luthier de violines, opinión que incluso mejorará cuando se entere que su nombre es Seiji Amas...
"¡Sí, no soy más que un vagabundo, un peregrino en la tierra! ¿Eres tú algo más?"